本论文应用分子标记技术研究了红树科(Rhizophoraceae)两种濒危植物山红树(Pellacalyx yunnanensis Hu)和锯叶竹节树(Carallia diphopetala Hand. Mazz)的居群遗传结构。并在分析两物种遗传多样性与遗传变异的基础上，讨论了对山红树与锯叶竹节树进行进一步迁地保护取样策略。主要结果如下：

1、       按照居群取样的方法，利用RAPD及ISSR对山红树的2个天然居群(青梅林居群QM，补蚌林居群BB)和1个迁地保护居群(EX)内的总共33个个体进行了遗传多样性与遗传变异的分析。RAPD结果显示，筛选出的10个随机引物共扩增出54个位点，多态位点所占比例(PPB)为20.37%，居群内的遗传多样性水平很低；ISSR结果显示，扩增出的75条条带中，共有22条为多态性条带，PPB=29.37%。ISSR检测出的多态性比RAPD要高。根据PPB值，各居群遗传多样性大小顺序依次为：EX＞QM＞BB。

2、       利用AMOVA程序分析山红树居群的遗传结构。RAPD与ISSR的结果均显示，山红树的遗传变异主要来自居群间，居群间存在较高水平的遗传分化。人为活动是造成山红树居群内遗传多样性水平极低及居群间遗传分化较高的主要原因。对所有个体进行聚类(UPGMA)，可以比较明显地看出，这些个体分为两个大的类群，一个类群包括迁地保护区居群的所有个体，而另一个类群则包含了其余的两个天然居群。在野外的山红树居群检测到了迁地保护区居群所没有的基因位点，进一步补充采样时，应至少从野外两居群采集4株以上的山红树植株补充到迁地保护区。

3、    锯叶竹节树5个居群(131个个体)用14个ISSR引物进行了扩增，68.1%的位点为多态位点，每个居群的PPB从31.9%到56.03%。迁地保护居群的遗传多样性最高，这可能是迁地保护区居群的个体来自于几个不同的居群所致。AMOVA分析表明，32.37%的遗传变异来自于居群间，67.63%的遗传变异来自居群内，锯叶竹节树也存在一定程度的遗传变异。

4、    锯叶竹节树的迁地保护区居群保存了93%的中高频等位基因，为保存更多的遗传变异，应对迁地保护区进行补充采样。勐海居群与迁地保护区居群的遗传差异更大，应优先从勐海地区取样。若从勐宋地区补充样品，至少应从勐宋地区采集14株锯叶竹节树补充到迁地保护区，才较好地代表该地区的遗传变异。