基于转录组的疏花软紫草低拷贝核基因引物开发
文献类型：期刊论文
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| 作者 | 付义1; 何承忠1; 巨苗苗1; 田斌1 |
| 刊名 | 西南林业大学学报
 ; 西南林业大学学报
; 西南林业大学学报
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| 出版日期 | 2016-06-15 ; 2016-06-15 ; 2016-06-15 |
| 期号 | 3页码:86-90 |
| 关键词 | 疏花软紫草 转录组 低拷贝核基因 引物 疏花软紫草 转录组 低拷贝核基因 引物 疏花软紫草 转录组 低拷贝核基因 引物 |
| 中文摘要 | 基于高通量的转录组测序,为大量并快速的开发分子标记提供契机。本研究对紫草科植物疏花软紫草进行转录组测序,共得到92 042 086条reads,从疏花软紫草158 446个Unigene中搜索到332个低拷贝核基因。为进行多态性验证,从中随机挑选30个设计引物,并对3个疏花软紫草种群共9个个体进行PCR扩增,结果发现其中16对引物能够扩增出单一稳定的目的条带,从中随机挑选7个片段进行群体测序并计算DNA多态性。结果表明,7对引物的多态性位点平均值为6.57,单倍型平均值为5.14,单倍型多态性(HD)在0.389~0.944之间,核苷酸多态性(Pi)为0.001 48~0.017 23。通过转... |
| 英文摘要 | 基于高通量的转录组测序,为大量并快速的开发分子标记提供契机。本研究对紫草科植物疏花软紫草进行转录组测序,共得到92 042 086条reads,从疏花软紫草158 446个Unigene中搜索到332个低拷贝核基因。为进行多态性验证,从中随机挑选30个设计引物,并对3个疏花软紫草种群共9个个体进行PCR扩增,结果发现其中16对引物能够扩增出单一稳定的目的条带,从中随机挑选7个片段进行群体测序并计算DNA多态性。结果表明,7对引物的多态性位点平均值为6.57,单倍型平均值为5.14,单倍型多态性(HD)在0.389~0.944之间,核苷酸多态性(Pi)为0.001 48~0.017 23。通过转...; 基于高通量的转录组测序,为大量并快速的开发分子标记提供契机。本研究对紫草科植物疏花软紫草进行转录组测序,共得到92 042 086条reads,从疏花软紫草158 446个Unigene中搜索到332个低拷贝核基因。为进行多态性验证,从中随机挑选30个设计引物,并对3个疏花软紫草种群共9个个体进行PCR扩增,结果发现其中16对引物能够扩增出单一稳定的目的条带,从中随机挑选7个片段进行群体测序并计算DNA多态性。结果表明,7对引物的多态性位点平均值为6.57,单倍型平均值为5.14,单倍型多态性(HD)在0.389~0.944之间,核苷酸多态性(Pi)为0.001 48~0.017 23。通过转... |
| 收录类别 | cscd |
| 语种 | 中文 ; 中文 ; 中文 |
| 资助机构 | 云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室研究生开放基金(YNGB201507)资助 ; 西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室开放基金资助 ; 云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室研究生开放基金(YNGB201507)资助 ; 西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室开放基金资助 |
| 源URL | [http://ir.kib.ac.cn/handle/151853/28798]  |
| 专题 | 昆明植物研究所_中国科学院东亚植物多样性与生物地理学重点实验室 |
| 作者单位 | 1.西南林业大学云南省云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室 2.国家林业局西南地区生物多样性保育重点实验室 3.中国科学院昆明植物研究所中国科学院东亚植物多样性与生物地理学重点实验室 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 付义,何承忠,巨苗苗,等. 基于转录组的疏花软紫草低拷贝核基因引物开发, 基于转录组的疏花软紫草低拷贝核基因引物开发, 基于转录组的疏花软紫草低拷贝核基因引物开发[J]. 西南林业大学学报, 西南林业大学学报, 西南林业大学学报,2016, 2016, 2016(3):86-90, 86-90, 86-90. |
| APA | 付义,何承忠,巨苗苗,&田斌.(2016).基于转录组的疏花软紫草低拷贝核基因引物开发.西南林业大学学报(3),86-90. |
| MLA | 付义,et al."基于转录组的疏花软紫草低拷贝核基因引物开发".西南林业大学学报 .3(2016):86-90. |
入库方式： OAI收割
来源：昆明植物研究所
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