Discovery Studio 2.0的模块扩展及应用:残基水平非键相互作用能量的自动批量计算
文献类型：期刊论文
| 作者 | 高跃东1,2; 黄京飞[*]1,3 |
| 刊名 | 动物学研究
 |
| 出版日期 | 2011 |
| 卷号 | 32期号:3页码:262-266 |
| 关键词 | 非键相互作用 模块扩展 Discovery Studio 2.0 |
| 其他题名 | An extension strategy of Discovery Studio 2.0 for non-bonded interaction energy automatic calculation at the residue level |
| 通讯作者 | huangjf@mail.kiz.ac.cn |
| 合作状况 | 其它 |
| 中文摘要 | 非键相互作用对于生物体系中的分子识别和结合过程起着关键作用。然而,传统的方法并不能在残基水平自动批量计算非键相互作用。近年来,已经发展了一些方法和工具进行非键相互作用的计算分析。该文研究发展了一种可以自动计算残基间非键相互作用的方法,即用Perl脚本调用Discovery Studio 2.0(DS 2.0,Accelrys Inc.)底层模块中的非键相互作用协议,实现了直接利用命令行批量计算非键相互作用能量,而无需通过DS2.0的图形界面。该方法扩展了DS2.0的计算模块,并于近期运用到了复合结构的研究分析中。 |
| 英文摘要 | Non-bonded interaction forces play crucial roles in molecular recognition and binding in biological systems. However, it is difficult for traditional methods to automatically calculate and batch the non-bonded energy at the residue level. In recent years, many studies have focused on non-bonded interactions and developed tools to calculate and analyze such interactions. In this study, we present a highly automated approach for the calculation of non-bonded energy. Our strategy invoked protocols relevant to non-bonded interactions within Discovery Studio 2.0 (DS2.0, Accelrys Inc.) bottom module using Perl script, and determined the direct command line operation of calculating non-bonded interaction energy batches without accessing the graphical interface of DS. This approach extended the DS2.0 module and was applied to a recent study of complex structure analysis. |
| 收录类别 | 其他 |
| 资助信息 | 国家重点基础研究发展计划项目“973”(2009CB941302);国家自然科学基金项目(30470939、30623007);中国科学院基金项目(2007211311091). |
| 语种 | 中文 |
| 公开日期 | 2011-08-26 |
| 源URL | [http://159.226.149.42:8088/handle/353002/6720]  |
| 专题 | 昆明动物研究所_结构生物信息学 昆明动物研究所_遗传资源与进化国家重点实验室 管理、支撑部门_大型仪器中心 |
| 作者单位 | 1.中国科学院昆明动物研究所 遗传资源与进化国家重点实验室, 云南 昆明 650223 2.中国科学院研究生院, 北京100049 3.中国科学院昆明动物研究所－香港中文大学生物资源与疾病分子机理联合实验室, 云南 昆明 650223 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 高跃东,黄京飞[*]. Discovery Studio 2.0的模块扩展及应用:残基水平非键相互作用能量的自动批量计算[J]. 动物学研究,2011,32(3):262-266. |
| APA | 高跃东,&黄京飞[*].(2011).Discovery Studio 2.0的模块扩展及应用:残基水平非键相互作用能量的自动批量计算.动物学研究,32(3),262-266. |
| MLA | 高跃东,et al."Discovery Studio 2.0的模块扩展及应用:残基水平非键相互作用能量的自动批量计算".动物学研究 32.3(2011):262-266. |
入库方式： OAI收割
来源：昆明动物研究所
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