常用系统发育树构建算法和软件鸟瞰
文献类型：期刊论文
| 作者 | 张丽娜1; 荣昌鹤2; 何远1; 关琼4; 何彬4; 朱兴文1; 刘佳妮4; 陈红菊[*]3,4 |
| 刊名 | 动物学研究
 |
| 出版日期 | 2013 |
| 卷号 | 34期号:6页码:640−650 |
| 关键词 | 系统发育树 距离矩阵法 最大简约法 最大似然法 贝叶斯算法 系统发育分析软件 |
| 其他题名 | A bird’s eye view of the algorithms and software packages for reconstructing phylogenetic trees |
| 通讯作者 | chenhongju_teacher@hotmail.com |
| 合作状况 | 其它 |
| 中文摘要 | 系统发育树又称进化树、生命树等，在达尔文的“进化论”一书中首次出现，之后系统发育树的重构被广大生物学家所接受。该文阐述了构建系统发育树的基本流程，对目前用于构建系统发育树的四类算法（距离法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法）进行了详细地分析和比较，并介绍了一些常用系统发育树构建和分析软件（PHYLIP、MEGA、MrBayes）的特点。 |
| 英文摘要 | The prototype phylogenetic tree, i.e., evolutionary “tree” or “tree of life”, was first conceived by Charles Darwin in his seminal book “The Origin of Species”, and its reconstructions have been approached by generations of biologists ever since. In this article, we briefly reviewed the major algorithms and software packages for reconstructing phylogenetic trees. Specifically we discuss four categories of phylogeny algorithms including distance-matrix, maximum parsimony, maximum likelihood, and Bayesian framework, as well as software packages (PHYLIP, MEGA, MrBayes) based on them. |
| 收录类别 | 其他 |
| 资助信息 | 遗传资源与进化国家重点实验室“开放课题”(项目名称:利用生存分析改进系统发育树和溯祖树构建的准确性和可靠性,项目编号:GREKF11-11). |
| 语种 | 中文 |
| 公开日期 | 2014-03-14 |
| 源URL | [http://159.226.149.42:8088/handle/152453/7819]  |
| 专题 | 昆明动物研究所_计算生物与生物信息学 昆明动物研究所_遗传资源与进化国家重点实验室 |
| 作者单位 | 1.大理学院数学与计算机学院;云南大理671003 2.云南林业职业技术学院, 云南昆明650224 3.红河学院, 云南蒙自661100 4.中国科学院昆明动物研究所 遗传资源与进化国家重点实验室, 计算生物学与医学生态学研究组, 云南 昆明 650223 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 张丽娜,荣昌鹤,何远,等. 常用系统发育树构建算法和软件鸟瞰[J]. 动物学研究,2013,34(6):640−650. |
| APA | 张丽娜.,荣昌鹤.,何远.,关琼.,何彬.,...&陈红菊[*].(2013).常用系统发育树构建算法和软件鸟瞰.动物学研究,34(6),640−650. |
| MLA | 张丽娜,et al."常用系统发育树构建算法和软件鸟瞰".动物学研究 34.6(2013):640−650. |
入库方式： OAI收割
来源：昆明动物研究所
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