不具有3-碱基周期性的编码序列初探
文献类型：期刊论文
| 作者 | 张静[*]1; 石秀凡2 |
| 刊名 | 生物化学与生物物理进展
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| 出版日期 | 2002 |
| 卷号 | 29期号:2页码:267-272 |
| 关键词 | 编码序列 Fourier分析 3-碱基周期性 非3-碱基周期性 |
| 其他题名 | Tentative Study of the Coding Sequences Without 3-base Periodicity |
| 通讯作者 | jzhang213@263.net |
| 合作状况 | 其它 |
| 中文摘要 | 对 12 0个较短编码序列 (<12 0 0bp)的Fourier频谱进行分析表明 ,3 碱基周期性在短编码序列中并不是绝对存在的 .统计分析提示 ,编码序列有无 3 碱基周期性与序列的碱基组成和分布、所编码蛋白质氨基酸的选用和顺序以及同义密码子的使用都有一定的关系 .一般地 ,非周期 3序列中A +U含量高于G +C含量 ,周期 3序列的情况则相反 非周期 3序列中碱基在密码子三个位点上的分布比周期 3序列中的分布均匀 ;非周期 3序列密码子和氨基酸的使用偏向没有周期 3序列的大 .在利用Fourier分析方法预测DNA序列中的基因和外显子时 ,应充分考虑到这些现象. |
| 英文摘要 | Fourier spectra of 120 short coding sequences (<1 200 bp) show that not all coding sequences are characterized by 3-base periodicity. Statistical analysis suggests that whether a coding sequence has 3-base periodicity may be related to the composition and distribution of bases, the usage and the order of the amino acids of the encoded protein as well as the synonymous codon usage. Generally, the content of A+U is higher than that of G+C in non-period-3 sequences, inversely in period-3 sequences. In the three codon positions, the base distribution in the non-periodic-3 sequences is more uniform than in the periodic-3 sequences. The usage biases of the amino acids and the codons in non-period-3 sequences are weaker than that in period-3 sequences. All of these phenomena should be considered sufficiently in predicting the genes and exons of DNA sequences by Fourier analysis method. |
| 收录类别 | 其他 |
| 资助信息 | 国家教育部科研重点基金资助项目(002460) |
| 语种 | 中文 |
| 公开日期 | 2010-08-13 |
| 源URL | [http://159.226.149.42:8088/handle/152453/1461]  |
| 专题 | 昆明动物研究所_其他 |
| 作者单位 | 1.云南大学应用统计中心,昆明650091 2.中国科学院昆明动物研究所,昆明650223 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 张静[*],石秀凡. 不具有3-碱基周期性的编码序列初探[J]. 生物化学与生物物理进展,2002,29(2):267-272. |
| APA | 张静[*],&石秀凡.(2002).不具有3-碱基周期性的编码序列初探.生物化学与生物物理进展,29(2),267-272. |
| MLA | 张静[*],et al."不具有3-碱基周期性的编码序列初探".生物化学与生物物理进展 29.2(2002):267-272. |
入库方式： OAI收割
来源：昆明动物研究所
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