酵母基因中转录正调控内含子序列特征的统计分析
文献类型：期刊论文
| 作者 | 张静[*]1; 石秀凡2 |
| 刊名 | 生物化学与生物物理进展
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| 出版日期 | 2003 |
| 卷号 | 30期号:2页码:231-238 |
| 关键词 | 酵母 内含子 基因转录频率 寡核苷酸出现频率 |
| ISSN号 | 1000-3282 |
| 其他题名 | Statistical analysis of sequence features of introns with positive transcriptional regulation in yeast genes |
| 通讯作者 | zhangjing@ynu.edu.cn |
| 合作状况 | 其它 |
| 中文摘要 | 大量实验研究显示 , 真核基因的许多内含子具有调控转录的功能 , 但是对此问题尚缺乏全面的研究 . 观 察一些酵母基因的转录频率与基因的内含子序列后 , 发现一个值得注意的现象 : 转录频率高的基因内含子序列 一般都比较长 , 而转录频率低的基因内含子一般都比较短 . 这提示高效转录基因的较长内含子中可能含有某些 增强基因转录的特征性结构 . 于是选取两组酵母基因的内含子进行详细研究 , 第一组的基因具有较高的转录频 率 ( > 30) , 第二组的基因转录频率较低 ( ≤ 10) . 对寡核苷酸 ( 主要是四核苷酸、五核苷酸 ) 的出现频率进行 统计比较分析 , 探测到一批寡核苷酸 , 它们在第一组内含子中出现的频率显著高于在第二组内含子中出现的频 率 , 同时也显著高于与第一组内含子相邻的外显子中的出现频率 . 其中一些寡核苷酸与实验研究得到的转录调 控元件相同 . 从这批寡核苷酸在内含子和外显子序列中的分布看 , 高效转录基因内含子的序列结构确实有利于 基因的转录 |
| 英文摘要 | A great deal of experimental studies have shown that many introns of eukaryotic genes function as regulators of transcription. However, comprehensive studies of this problem have not yet been conducted. After checking the transcription frequencies of some Saccharomyces cerevisiae (yeast), genes and their introns, a remarkable phenomenon was discovered that generally the introns of the genes with higher transcription frequencies are longer, and the introns of the genes with lower transcription frequencies are shorter. This suggests that the longer introns of genes with higher transcription frequencies may contain some characteristic sequence structures, which could enhance the transcription of genes. Therefore, two sets of introns of yeast genes were chosen for further study. The transcription frequencies of the first set of genes are higher (>30), and those of the second set of genes are lower (less than or equal to10). Some oligonucleotides are detected by statistically comparative analyses of the occurrence frequencies of oligonucleotides (mainly tetranucleotides and pentanucleotides), whose occurrence frequencies in the first set of introns; are significantly higher than those in the second set of introns, and are also significantly higher than those in the exons flanking the introns of the first set. Some of these extracted oligonucleotides are the same as the regulatory elements of transcription revealed by experimental analyses. Besides, the distributions of these extracted oligonucleotides in the two sets of introns and the exons show that the sequence structures of the first set of introns are favorable for transcription of genes. |
| 收录类别 | SCI |
| 资助信息 | 教育部科研重点基金资助项目 (00246) . |
| 原文出处 | 200330231.pdf |
| 语种 | 中文 |
| 公开日期 | 2010-08-24 |
| 源URL | [http://159.226.149.42:8088/handle/152453/5291]  |
| 专题 | 昆明动物研究所_其他 昆明动物研究所_细胞与分子进化重点实验室 |
| 作者单位 | 1.云南大学应用统计中心,昆明 650091 2.中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化重点实验室,昆明650223 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 张静[*],石秀凡. 酵母基因中转录正调控内含子序列特征的统计分析[J]. 生物化学与生物物理进展,2003,30(2):231-238. |
| APA | 张静[*],&石秀凡.(2003).酵母基因中转录正调控内含子序列特征的统计分析.生物化学与生物物理进展,30(2),231-238. |
| MLA | 张静[*],et al."酵母基因中转录正调控内含子序列特征的统计分析".生物化学与生物物理进展 30.2(2003):231-238. |
入库方式： OAI收割
来源：昆明动物研究所
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