本发明涉及一种微透镜光学拼接系统及方法。该系统包括显微镜系统、二维调整台以及监视器；显微镜系统与监视器连接；二维调整台安装在显微镜系统的平台上且位于显微镜镜头的下方；二维调整台包括底座、二维调节机构、连接板、玻璃平板和拼接基板；底座上对应显微镜系统光源处开设第一圆孔，连接板上开设第二圆孔；第一圆孔和第二圆孔同轴心设置；二维调节机构安装在底座上，连接板安装在二维调节机构上，玻璃平板安装在连接板上并位于第一圆孔上；拼接基板安装在玻璃平板上。本发明采用的拼接系统和方法解决了目前整体微透镜阵列无法加工制造的瓶颈问题。