创伤弧菌TF3全基因组包含的CRISPR-Cas系统及MGIVvuTF3基因岛分析
文献类型：期刊论文
| 作者 | 云龙; 罗鹏; 田雨顺; 丁雄祺; 胡超群 |
| 刊名 | 微生物学报
 |
| 出版日期 | 2018 |
| 卷号 | 58期号:07页码:1266-1273 |
| 关键词 | CRISPR cas基因 基因岛 创伤弧菌 |
| 通讯作者 | 云龙 |
| 中文摘要 | 【目的】分析创伤弧菌(Vibrio vulnificus)全基因组框架序列,挖掘感兴趣的遗传位点,探索其是否具有CRISPR系统及其特征。【方法】在病虾体内分离获得了一株创伤弧菌TF3,通过Illumina Miseq测序得到基因组框架序列。经注释分析发现其基因组中存在一个CRISPR-Cas系统,命名为CRISPR-CasTF3,进一步分析发现CRISPR-CasTF3位于一个基因岛上,将该基因岛命名为MGIVvu TF3。对CRISPR-CasTF3及MGIVvu TF3的特征和来源进行了分析。【结果】CRISPR-CasTF3属于与大肠杆菌类似的Ι-E型CRISPR-Cas系统,CRISPR-CasTF3包括8个cas基因,其排列为cas3-cas8e-cse2-cas6-cas7-cas5-cas1-cas2;具有50个重复序列,每二个重复序列间为一个Spacer序列。MGIVvu TF3具有att L和att R序列,含有位点特异性整合、剪切、转移相关的基因。MGIVvu TF3与霍乱弧菌O395基因组中的一个基因岛MGIVch0395具较高相似性,二者最显著的差别在于Spacer序列完全不同,以及各有几个非保守的预测基因。【结论】MGIVvu TF3及CRISPR-CasTF3极有可能通过基因水平转移获得,并且CRISPR-CasTF3系统可以借助MGIVvu TF3实现水平转移。 |
| 源URL | [http://ir.scsio.ac.cn/handle/344004/17286]  |
| 专题 | 南海海洋研究所_中科院海洋生物资源可持续利用重点实验室 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 云龙,罗鹏,田雨顺,等. 创伤弧菌TF3全基因组包含的CRISPR-Cas系统及MGIVvuTF3基因岛分析[J]. 微生物学报,2018,58(07):1266-1273. |
| APA | 云龙,罗鹏,田雨顺,丁雄祺,&胡超群.(2018).创伤弧菌TF3全基因组包含的CRISPR-Cas系统及MGIVvuTF3基因岛分析.微生物学报,58(07),1266-1273. |
| MLA | 云龙,et al."创伤弧菌TF3全基因组包含的CRISPR-Cas系统及MGIVvuTF3基因岛分析".微生物学报 58.07(2018):1266-1273. |
入库方式： OAI收割
来源：南海海洋研究所
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