本实用新型公开了一种基于纳米管的纳米孔检测系统，所述系统包括基于纳米管的纳米孔结构、微流道结构、用于封盖微流道结构的盖片和用于检测待测物的电流检测系统；所述基于纳米管的纳米孔结构包括基片、纳米管，所述纳米管分散或生长在基片上，所述纳米管左右两端开口，侧壁设置有一个纳米孔；所述微流道结构加工在基片上并设置有3个独立的电解质溶液腔室，所述纳米管贯通于三个腔室，所述纳米管的左开口、纳米孔、右开口分别与第一腔室、第二腔室、第三腔室连通；所述电流检测系统一端设置于第二腔室内，另一端设置于第一腔室或第三腔室内。本实用新型可以极大的提高生物传感器的分辨率和灵敏度，有望实现单分子DNA直接测序的构想。