一种有机农药检测用高通量微流控装置及其水样检测方法，涉及有机农药检测分析技术领域，包括有水体取样模块、有机农药微流控模块和拉曼光谱分析模块，水体取样模块采集到水样后输送至有机农药微流控模块，与金属纳米颗粒充分碰撞和有机结合，再输送到拉曼光谱分析模块，进行数据分析。本发明结合了微流控技术和SERS技术，通过控制待测水样、纳米颗粒和缓冲液的流量，能够实现对微量水样进行拉曼光谱检测，降低水样检测的环境要求，检测速度快，准确度高。同时，本发明所述的微流控装置结构紧凑，除了设置在试验室，还能设置在其他工作环境中。