本实用新型公开了一种浮游藻类细胞培养装置，包括底板，底板上设有微孔阵列，所述微孔阵列由微孔排列成矩形阵列，相邻微孔阵列之间的间距3mm～10mm，所述微孔孔径尺寸为10μm～30μm，微孔孔深尺寸为20μm～30μm，相邻微孔之间的间距在2μm～3μm内。底板上的微孔阵列，是通过特定的微尺度加工工艺（如激光刻蚀技术）在底板上刻蚀组成的大量微孔，并组成了特定阵列。通过本实用新型的装置能够将不同浮游藻类细胞相互隔离、互不干扰、可提供藻类生长生境需求（光照、营养盐等），能够满足对浮游藻类进行微观尺度上的细胞培养。