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基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化(英文)

文献类型：期刊论文

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作者赵磊 ; Zachary LARSON-RABIN ; 陈斯云 ; 郭振华
刊名植物分类与资源学报 ; 植物分类与资源学报 ; 植物分类与资源学报
出版日期2012 ; 2012 ; 2012
期号5页码:487-501
关键词高通量 高通量 二代测序 转录组 从头组装 优化 高通量 二代测序 转录组 从头组装 优化 二代测序 转录组 从头组装 优化
产权排序第一 ; 第一 ; 第一
英文摘要利用公共数据库中果蝇F1代和栽培水稻基于高通量Illumina测序平台的RNA-Seq短序列数据;比较了8个(ABySS;Velvet;SOAPdenovo;Oases;Trinity;Multiple-k;T-IDBA and Trans-ABySS)转录组从头组装软件。结果显示;在基于单一k-mer和多重k-mer方法的两类软件中;Trinity和Trans-ABySS分别表现出最好的组装性能;而其它软件性能比较接近。我们还发现基于多重k-mer比单一k-mer可以组装获得更多的总碱基数目;但是即使利用最好的多重k-mer组装软件;所获得的数据质量也比研究人员所期望的要低。鉴于此;我们提出了"ETM"优化方法;将多重k-mer方法组合到Trinity中;使其在具有最好的组装性能的基础上兼具了多重k-mer的优势;测试结果显示了该方法具有一定的优越性。我们的研究结果为用户选择合适的软件提供了依据;对推动基于高通量Illumina测序的转录组研究具有重要意义。; 利用公共数据库中果蝇F1代和栽培水稻基于高通量Illumina测序平台的RNA-Seq短序列数据;比较了8个(ABySS;Velvet;SOAPdenovo;Oases;Trinity;Multiple-k;T-IDBA and Trans-ABySS)转录组从头组装软件。结果显示;在基于单一k-mer和多重k-mer方法的两类软件中;Trinity和Trans-ABySS分别表现出最好的组装性能;而其它软件性能比较接近。我们还发现基于多重k-mer比单一k-mer可以组装获得更多的总碱基数目;但是即使利用最好的多重k-mer组装软件;所获得的数据质量也比研究人员所期望的要低。鉴于此;我们提出了"ETM"优化方法;将多重k-mer方法组合到Trinity中;使其在具有最好的组装性能的基础上兼具了多重k-mer的优势;测试结果显示了该方法具有一定的优越性。我们的研究结果为用户选择合适的软件提供了依据;对推动基于高通量Illumina测序的转录组研究具有重要意义。; 利用公共数据库中果蝇F1代和栽培水稻基于高通量Illumina测序平台的RNA-Seq短序列数据;比较了8个(ABySS;Velvet;SOAPdenovo;Oases;Trinity;Multiple-k;T-IDBA and Trans-ABySS)转录组从头组装软件。结果显示;在基于单一k-mer和多重k-mer方法的两类软件中;Trinity和Trans-ABySS分别表现出最好的组装性能;而其它软件性能比较接近。我们还发现基于多重k-mer比单一k-mer可以组装获得更多的总碱基数目;但是即使利用最好的多重k-mer组装软件;所获得的数据质量也比研究人员所期望的要低。鉴于此;我们提出了"ETM"优化方法;将多重k-mer方法组合到Trinity中;使其在具有最好的组装性能的基础上兼具了多重k-mer的优势;测试结果显示了该方法具有一定的优越性。我们的研究结果为用户选择合适的软件提供了依据;对推动基于高通量Illumina测序的转录组研究具有重要意义。
语种中文 ; 中文 ; 中文
资助机构The National Natural Science Foundation of China(30990244);;the Knowledge Innovation Project of the Chinese Academy of Sciences(KSCX2-YW-N-067);;the Scientific Research Foundation for the Returned Overseas Chinese Scholars,State Education Ministry and the Young Academic and Technical Leader Raising Foundation of Yunnan Province(2008PY065);;a Chinese Academy of Sciences Young International Scientist Fellowship(awarded to Zachary Larson-Rabin);;Yunnan Provincial Government through an innovation team program ; The National Natural Science Foundation of China(30990244);;the Knowledge Innovation Project of the Chinese Academy of Sciences(KSCX2-YW-N-067);;the Scientific Research Foundation for the Returned Overseas Chinese Scholars,State Education Ministry and the Young Academic and Technical Leader Raising Foundation of Yunnan Province(2008PY065);;a Chinese Academy of Sciences Young International Scientist Fellowship(awarded to Zachary Larson-Rabin);;Yunnan Provincial Government through an innovation team program ; The National Natural Science Foundation of China(30990244);;the Knowledge Innovation Project of the Chinese Academy of Sciences(KSCX2-YW-N-067);;the Scientific Research Foundation for the Returned Overseas Chinese Scholars,State Education Ministry and the Young Academic and Technical Leader Raising Foundation of Yunnan Province(2008PY065);;a Chinese Academy of Sciences Young International Scientist Fellowship(awarded to Zachary Larson-Rabin);;Yunnan Provincial Government through an innovation team program
公开日期2012-12-28 ; 2012-12-28 ; 2012-12-28
源URL[http://ir.kib.ac.cn:8080/handle/151853/15874]  
专题昆明植物研究所_中国西南野生生物种质资源库
推荐引用方式
GB/T 7714		 赵磊,Zachary LARSON-RABIN,陈斯云,等. 基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化(英文), 基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化(英文), 基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化(英文)[J]. 植物分类与资源学报, 植物分类与资源学报, 植物分类与资源学报,2012, 2012, 2012(5):487-501, 487-501, 487-501.
APA 赵磊,Zachary LARSON-RABIN,陈斯云,&郭振华.(2012).基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化(英文).植物分类与资源学报(5),487-501.
MLA 赵磊,et al."基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化(英文)".植物分类与资源学报 .5(2012):487-501.

入库方式： OAI收割

来源：昆明植物研究所

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