利用rbcL-a及ITS序列作为分子标记,对14个枸杞种或品种及1个伪品白刺进行了真伪鉴别及遗传关系分析。CTAB法提取总DNA,用通用引物对rbcL-a和ITS序列扩增、克隆、测序及分析,T克隆解决部分样品ITS无法成功测序问题。rbcL-a和ITS序列通用引物可在所有样品中成功扩增,rbcL-a序列全长643 bp,在14个枸杞种或品种中完全一致,与白刺具有45bp(7%)的碱基变异。ITS序列在14个枸杞种或品种中长度变异范围为513-692 bp。采用UPGMA法构建系统树,可区分白刺与枸杞,黑果枸杞和宁夏枸杞各品种分别聚为两支,云南枸杞、韩国枸杞及黄果枸杞则聚在宁夏枸杞大分支内。rbcL-a序列可有效进行枸杞真伪鉴别,ITS序列可用于枸杞品种鉴定及遗传关系分析。此外,本研究首次揭示了枸杞品种及个体内的ITS多态性,发现在枸杞中存在ITS假基因这一现象,为未来利用ITS序列进行枸杞系统进化研究提供一些新的参考。