一种湖泊型流域水生态功能一二级分区的方法，选择一组水生态功能分区指标，以目标流域DEM为底图，通过水文分析划分出分区基本单元，将各分区指标在分区基本单元上进行空间离散，采用二阶空间聚类分析方法，对相似的水生态分区基本单元进行合并，初步形成的水生态功能分区草图；对分区结果进行校验，对分区草图进行必要的调整和修正，最终确定水生态功能分区的边界，制作湖泊型流域水生态功能分区图。本发明的湖泊型流域水生态功能分区方法在全面考虑流域自然地理、地貌、水文以及相关区划方案的基础上，将流域划分为相对同质、均匀的分区单元，为科学决策提供支撑。本发明方法所需资料均为常规资料，容易获取，可广泛应用推广。