一种大型浅水湖泊越冬蓝藻种源疏浚位点的确定方法，在越冬复苏期，对湖泊底泥表层取样，分析底泥表层的色素含量表征蓝藻总生物量及其分布，根据色素含量初步筛选蓝藻种源的总生物量较高的区域为备选区域；在备选区域增设采样点，采用镜鉴及流式细胞方法确定目标种群和数量；利用细胞光合作用活性和/或酯酶活性表征蓝藻细胞的生理活性；对备选区域根据目标种群数量进行细筛，辅以蓝藻的生理活性进行校正，在备选区域中优先选取目标种群数量和生理活性较高的区域，通过网格化和空间插值的方法，确定底泥表层越冬蓝藻种源的疏浚位点。本发明方法通过越冬蓝藻种源分布特征确定疏浚位点，为定向开展越冬蓝藻种源疏浚工程提供科学合理的依据。