本发明涉及一种沉积物微生物电化学装置，属于环境工程领域。本装置主要由阴极、阳极、导线、电阻，以及带有螺旋叶片、支撑杆和刮泥板的搅拌轴组成；其中通过导线将位于水相中的阴极、位于沉积物中的阳极以及电阻串联起来形成一个回路，电阻介于阴极和阳极之间。本发明在运行一段时间后，转动搅拌轴，更换与电极接触的沉积物，从而提高沉积物微生物电化学装置的效率，加大其对于沉积物的修复作用。通过本发明所述的沉积物微生物电化学装置，可显著提高阳极区沉积物中有机物的传质。本发明结构简单，不需要太多的维护、建造，具备良好的经济效益及应用前景。