本发明涉及一种污染沉积物治理的修复技术，具体涉及一种微生物燃料电池及其在去除自然沉积物中的有机物的应用。本发明所述的微生物燃料电池包括MFC阴极、MFC阳极、导线和电阻，其中通过导线将阴极、阳极以及电阻串联起来形成一个回路；MFC阴极位于上层好氧的水相中，MFC阳极插于沉积物中。通过本发明所述的微生物燃料电池及其利用该微生物燃料电池去除自然沉积物中有机物的方法，沉积物中有机碳的去除率在20～30％左右，易氧化有机物去除率在25～35％左右。本发明具有结构简单，不需使用离子交换膜将阴阳两极隔开，电极不使用催化剂，不需要太多的维护、建造和运行成本低等优点。