分子标记开发及鲤遗传作图和鲢鳙群体遗传分析
文献类型：学位论文
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| 作者 | 程磊 |
| 学位类别 | 博士 |
| 答辩日期 | 2009-06-05 |
| 授予单位 | 中国科学院水生生物研究所 |
| 授予地点 | 水生生物研究所 |
| 导师 | 童金苟 |
| 关键词 | 分子标记 鲤(Cyprinus carpio) 遗传图谱 鲢(Hypophthalmichthys molitrix) 鳙(H. nobilis) 遗传结构 遗传瓶颈 杂交渐渗 |
| 其他题名 | Marker development and genetic mapping in common carp and population genetics in two Hypophthalmichthys fishes |
| 中文摘要 | 鲤科鱼类是世界养殖产量最高的鱼类类群，更是我国淡水养殖业的支柱。分子标记技术的发展极大地促进了鱼类遗传学研究与育种实践，然而鲤科鱼类的分子标记开发及应用研究仍处于起步阶段。本论文围绕鲤科鱼类的分子标记开发及应用这一主题，开展了以下几方面的工作。 鲤(Cyprinus carpio)由于四倍体起源、遗传标记少等原因，遗传作图较其他鱼类更为困难。本文利用AFLP和微卫星标记技术和单倍体作图策略成功构建了鲤的遗传图谱。图谱由64个连锁群组成，共定位了699个AFLP和20个微卫星标记，总图距达到5506.9cM，标记间的平均间隔为7.66 cM。分析显示各个标记均匀、随机地分布在不同连锁群上，但是部分连锁群上存在AFLP 标记簇。为了将已有的鲤基因或EST定位到图谱上，本研究还利用生物信息学手段从公共数据库中发掘得到了一批鲤的SNP位点，并在中国常见鲤群体中对部分位点展开了小规模的验证。研究发现鲤基因组存在大量的SNP变异，而不同鲤群体的SNP等位基因频率差别较大。因而在应用到遗传作图之前，有必要在给定的样本中检验这些候选的SNP位点的有效性。 鲢(Hypophthalmichthys molitrix)和鳙(H. nobilis)是我国传统的养殖鱼类，然而最近几十年来我国的鲢、鳙自然资源发生了严重的衰退。为了更有效地保护和利用鲢鳙资源，迫切需要开展鲢鳙的分子群体遗传学研究。本文通过构建鳙基因组富集文库，分离得到一批在鲢、鳙中表现为多态的新的微卫星标记。结合已公开报道的鲢、鳙微卫星标记，本文分析了长江中游洞庭湖、鄱阳湖和石首江段的鲢、鳙群体遗传结构。研究发现长江中游鲢、鳙群体的遗传多样性较低，群体间有一定程度的遗传分化, 并且可以检测到遗传瓶颈。其中鳙的遗传多样性更低，而分化程度更高。上述结果说明过去几十年人类活动所引起的长江鲢、鳙种群萎缩已经对这些群体，特别是鳙的遗传结构产生了显著影响。生境的变迁及人工杂种的逃逸等原因都有可能引起鲢、鳙的杂交、渐渗，本研究显示长江中游鲢、鳙并未发生大规模的种间杂交、渐渗。本文分析的样本采于三峡工程蓄水前，其研究结果可供今后研究和评估长江中游及其他区域的鲢、鳙种质资源状况参考。 EST来源的微卫星标记(EST-SSR)在基因组学和分子育种研究中有较大价值，因为它们来自于基因组的编码区，常常可以通过同源搜索初步了解其功能。目前这类标记主要作为大规模EST测序计划的副产物，通过对EST序列数据的生物信息学发掘而得到。但是，目前只有少数鲤科鱼类有大量的EST序列。本研究以稀有鮈鲫(Gobiocyrpis Rarus)为例，提出了一种名为cDNA-FIASCO的开发EST-SSR标记的新方法。研究结果显示，对于尚没有大量EST数据的鱼类该方法是一种快速开发EST-SSR标记的有效途径。 |
| 语种 | 中文 |
| 公开日期 | 2010-11-16 |
| 页码 | 135 |
| 源URL | [http://ir.ihb.ac.cn/handle/342005/12422]  |
| 专题 | 水生生物研究所_中科院水生所知识产出（2009年前）_学位论文 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 程磊. 分子标记开发及鲤遗传作图和鲢鳙群体遗传分析, Marker development and genetic mapping in common carp and population genetics in two Hypophthalmichthys fishes[D]. 水生生物研究所. 中国科学院水生生物研究所. 2009. |
入库方式： OAI收割
来源：水生生物研究所
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