山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组SSR和SNP分析
文献类型：期刊论文
| 作者 | 高庆波; 陈世龙 ; 王智华; 贾留坤; 更吉卓玛; 焦秀洁; 李彦
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| 刊名 | 西北植物学报
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| 出版日期 | 2018 |
| 卷号 | 38期号:07页码:1244-1253 |
| 关键词 | 山地虎耳草 棒腺虎耳草 转录组 简单重复序列(SSR) 单核苷酸多态性(SNP) |
| 英文摘要 | 利用Illumina HiSeqTM2000对山地虎耳草和棒腺虎耳草进行转录组测序,分析和比较其SSR和SNP特征。结果表明:山地虎耳草63 763条Unigene序列中含有4 622个SSR,发生频率为7.25%,有110种重复基元,平均每10.00kb出现一个SSR位点;棒腺虎耳草60 972条Unigene序列中含有4 542个SSR,发生频率为7.45%,有85种重复基元,平均每10.40kb出现一个SSR位点,略低于山地虎耳草。山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组序列的SSR优势基元均为三核苷酸重复。2个物种的转录组SSR以5~10次的较低重复次数为主,长度主要集中于12~30bp,具有较高的多态性。山地虎耳草和棒腺虎耳草中分别获得118 424个和112 006个SNP位点,编码区的SNP位点分别占30.40%和28.59%,且在编码SNP中同义突变所占比例(30.27%、28.48%)远高于非同义突变(0.13%、0.11%)。比较发现,2个物种的各项检索结果基本一致,推测与选取的组织部位、组织的发育阶段以及物种的亲缘关系有关。 |
| 资助机构 | 中国科学院“西部之光”人才培养引进计划 ; 中国科学院青年创新促进会项目(2016378) |
| 源URL | [http://ir.nwipb.ac.cn/handle/363003/13697]  |
| 专题 | 西北高原生物研究所_中国科学院西北高原生物研究所 |
| 作者单位 | 1.中国科学院西北高原生物研究所青海省作物分子育种重点实验室 2.中国科学院西北高原生物研究所信息与学报编辑部 3.中国科学院大学 4.中国科学院西北高原生物研究所高山植物适应与进化重点实验室 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 高庆波,陈世龙,王智华,等. 山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组SSR和SNP分析[J]. 西北植物学报,2018,38(07):1244-1253. |
| APA | 高庆波.,陈世龙.,王智华.,贾留坤.,更吉卓玛.,...&李彦.(2018).山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组SSR和SNP分析.西北植物学报,38(07),1244-1253. |
| MLA | 高庆波,et al."山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组SSR和SNP分析".西北植物学报 38.07(2018):1244-1253. |
入库方式： OAI收割
来源：西北高原生物研究所
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