本发明公开了一种基于轨道不平度的大型天线任意位姿时波束指向偏差计算方法，包括确定天线轨道采样点间距，测量天线服役时轨道各点的高度值；确定天线座架坐标系，对轨道各点高度值进行坐标变换；计算轨道各点方位坐标的拟合系数矩阵和轨道各点高度的拟合系数向量；确定轨道不平度的最佳拟合函数；计算天线处于任意方位角时所有滚轮对应的轨道高度值；计算天线在任意方位角、俯仰角时的波束指向偏差；输出波束指向偏差至天线控制系统，调整补偿天线。本发明不仅真实反映天线轨道表面，且能准确计算大型天线在任意位姿下因轨道不平度而引起的波束指向偏差，可用于定量评价轨道不平度对大型天线波束指向的影响，具有重要的学术意义和工程应用价值。