本发明公开了一种自动光谱观测系统及其控制方法，该系统包括光路组件和控制器，光路组件包括定标灯，定标灯包括空心阴极灯和卤素灯，沿着空心阴极灯射出的光线上依次设置有第一准直镜、第一滤光片、分光器和第一成像镜，沿着卤素灯射出的光线上依次设置有第二准直镜、可移动的碘盒和第二滤光片，卤素灯射出的光线进入分光器；空心阴极灯射出的光线穿过第一成像镜后进入光纤，并从光纤出来后依次经过扩焦系统、第一反射镜、狭缝和光谱仪，从狭缝处反射的光依次经过第二反射镜和第二成像镜进入控制器；第一反射镜的上方为天文望远镜，通过所述天文望远镜的星光通过狭缝进入光谱仪。本发明成本低，效率高，通用性好，稳定性好。