杀鱼爱德华氏菌（Edwardsiella piscicida）是海水养殖鱼类的重要病原菌，由杀鱼爱德华氏菌引发的爱德华氏菌病给我国水产养殖业造成了巨大的经济损失。细菌非编码小RNA是近些年来发现的一种调控因子，在转录后水平调节基因表达，参与调控环境应答、群体感应（quorum sensing）、生物膜形成、运动性和致病性等生物学过程。目前对于杀鱼爱德华氏菌的感染机制，尤其是非编码小RNA（sRNA）调控的毒力机制仍有待研究。本研究通过对不同生长环境下（正常LB培养，酸性胁迫，缺铁胁迫和氧化胁迫）培养的杀鱼爱德华氏菌提取总RNA进行高通量测序，总共发现有148个sRNA表达，其中19个是已经注释过的sRNA，其它129个未曾报道。相比正常LB培养组，共有103个sRNA在3种胁迫环境下有显著差异表达。根据测序结果，分别选取在酸性条件和氧化条件下具有显著差异表达的sRNA（命名为sR082和sR012）进行深入研究。

首先，用qRT-PCR法分析了sR082和sR012在不同生长时期和不同环境胁迫压力下的表达量，结果表明，sR082在细菌生长早期和低pH条件下高表达；sR012在细菌生长对数期高表达。为了研究sR012和sR082生物学功能，利用同源重组法分别构建了sR082和sR012敲除株TXΔsR082和TXΔsR012，比较敲除株和野生株在低pH压力和氧化压力条件下的生长情况。发现TXΔsR082在pH 5条件下生长能力显著降低；TXΔsR012在氧化压力条件下生长能力显著降低。这些结果表明sR082与sR012分别与细菌适应酸性和氧化胁迫能力有关。

为分析sR082与sR012对细菌感染宿主的影响，本研究分别比较了TXΔsR082，TXΔsR012与野生株TXD1感染牙鲆细胞、组织和个体能力的差异。结果表明，与TXD1相比，TXΔsR082和TXΔsR012感染牙鲆FG细胞能力、胞内复制能力、组织侵染能力以及致死能力均显著下降。这些结果表明，sR082和sR012在杀鱼爱德华氏菌耐受宿主胞内酸性和氧化环境及感染等方面发挥重要作用。

为进一步了解sR012在杀鱼爱德华氏菌中的调控作用，利用TargetRNA2软件对sR012进行靶基因预测，并用qRT-PCR验证靶基因的转录水平。发现共有4个靶基因（ETAE-0114，ETAE-2575，ETAE-3156和ETAE-0911）在TXD1和TXΔsR012中有差异表达，这些结果表明sR012可能通过调控这4个靶基因适应宿主胞内氧化环境从而影响杀鱼爱德华氏菌的毒力。