随着分子生物学方法的不断发展和改进，微生物在生态系统中的作用被更好的挖掘出来。目前快速发展的先进的分子生
物学技术，已经开始应用于分析环境微生物的多样性、微生物的生物地理学及微生物对气候变化的响应等。一般环境微生物的
研究目标主要有3 个，即确定微生物的种类和多样性、微生物的功能或潜在作用及在特定时间点活跃的微生物等。然而，现有
微生物的研究方法复杂多样，容易给研究者在方法的选择上带来困惑。将从微生物的多样性和功能研究两个方面介绍和分析
相应的分子生物学方法，尤其是近年来快速发展的高通量测序、宏组学和单细胞水平研究方法( 如纳米二次离子质谱与荧光原
位杂交相结合的方法) 等新技术及其应用情况，以期为研究者选择合适的研究方法进行环境微生物的研究提供依据。