本发明提供一种用于微囊藻毒素检测的传感器芯片及其移动监测设备。该传感器芯片包括复合芯片，所述复合芯片的上表面修饰有微囊藻毒素分子印迹膜，所述微囊藻毒素分子印迹膜上具有对微囊藻毒素特异性识别的微孔。该移动监测设备包括具有该传感器芯片的光学系统、流路系统。本发明提供了一种实时检测水域中藻毒素含量的检测装置，可以在现场实时原位检测水域中藻毒素的含量，仪器可在野外自动运行，无需人工参与。