本发明公开了一种基于线扫描拉曼显微成像的藻细胞计数及藻种判别方法，包括制备藻细胞检测计数板、藻细胞样本的预处理、藻细胞成像、基于藻细胞拉曼成像的藻细胞计数以及藻种的识别。本发明提供的一种基于线扫描拉曼显微成像及多元数据挖掘的藻细胞计数及藻种判别分析方法，可实现藻液中细胞的计数及藻种的快速判别分析，易于实现藻细胞的准确计数及藻种的同步快速识别。