【目的】探讨热带亚洲地区乔木种的谱系地理分布格局及其演化历史。【方法】以热带雨林群落代表乔木种高山榕为研究对象,采集了热带亚洲大陆北缘25个高山榕种群177个个体,采用叶绿体DNA (cpDNA)片段psbA-trnH测序的方法,对其遗传多样性、种群结构及种群历史动态进行分析。【结果】高山榕种群遗传多样性较低(HT=0.378),只得到3个psbA-trnH单倍型,然而其中2个祖先单倍型被高山榕与近缘种共享。两两种群间遗传分化值FST在0.000~1.000之间,基因流水平低(Nm=0.260),97.8%的遗传变异来自于种群间,但不存在明显的亲缘地理结构[GST (0.887>NST (0.799)]。分子进化中性检验结果表明:自然选择在分子进化过程中未发挥重要作用,而失配分析显示为单峰分布。【结论】综合中性检验、失配分析以及物种分布模型结果,显示高山榕经历了缓慢的种群扩张过程,而有限的种子散播能力可能限制了种群间的基因流,导致高山榕种群扩张缓慢。