本发明涉及一种基于热像素的电荷耦合器件电荷转移效率在轨测试方法，该方法通过对在轨暗场测试采集到的其中任一幅图进行计算，得到该幅图的背景信号SBG和图像饱和信号Smax，然后统计该幅图中信号灰度值介于2SBG和Smax之间的热像素信号个数，对于单个热像素信号计算其最亮像素的灰度值，统计单个热像素的拖尾信号所占的像素个数，并计算单个热像素所占拖尾像素的灰度值之和，再计算单个热像素信号转移到输出端的转移次数，根据公式计算出单个热像素的电荷转移损失率，以此求出基于单个热像素的电荷耦合器件的单次电荷转移效率。最后计算所求出的N个电荷转移效率的均值，即为在轨电荷耦合器件的电荷转移效率。本发明实时性强，方法简单快速，计算结果准确。