pepReap: 基于支持向量机的肽鉴定算法
文献类型：期刊论文
| 作者 | 孙瑞祥; 贺思敏; 曾 嵘; 高 文; 王海鹏; 付 岩 |
| 刊名 | 计算机研究与发展
 |
| 出版日期 | 2005 |
| 期号 | 第9期页码:1511~1518页 |
| 关键词 | 支持向量机 分类 蛋白质组学 肽鉴定 不平衡数据集 参数选择 |
| 英文摘要 | 利用生物质谱技术进行肽/蛋白质鉴定是蛋白质组学研究中的关键问题. 提出了一种基于支持向量机(SVM)的肽鉴定算法pepReap.算法由粗细两层打分体系构成，粗打分利用匹配谱峰总强度和数目及肽长度等信息得到候选肽序列的列表，细打分通过SVM算法综合利用多项匹配指标如离子相关性、离子匹配误差、肽序列信息等对粗打分结果进行评价，得到更为可靠的肽鉴定结果.在SVM的参数选择过程中，采用马修斯相关系数来评价分类性能以适应不平衡数据集的情况.在公开发表的数据集上的实验表明，该算法与采用阈值评价方法的流行商业软件SEQUEST相比，在鉴定精度相当的情况下可以获得更高的鉴定灵敏度. |
| 语种 | 中文 |
| 公开日期 | 2010-10-15 |
| 源URL | [http://ictir.ict.ac.cn/handle/311040/653]  |
| 专题 | 中国科学院计算技术研究所期刊论文_2005年中文 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 孙瑞祥,贺思敏,曾 嵘,等. pepReap: 基于支持向量机的肽鉴定算法[J]. 计算机研究与发展,2005(第9期):1511~1518页. |
| APA | 孙瑞祥,贺思敏,曾 嵘,高 文,王海鹏,&付 岩.(2005).pepReap: 基于支持向量机的肽鉴定算法.计算机研究与发展(第9期),1511~1518页. |
| MLA | 孙瑞祥,et al."pepReap: 基于支持向量机的肽鉴定算法".计算机研究与发展 .第9期(2005):1511~1518页. |
入库方式： OAI收割
来源：计算技术研究所
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