本发明公开了一种三维CMOS与分子开关器件的混合集成电路结构 的制备方法，包括：在基片制备标准的CMOS器件；在该CMOS器件上 覆盖一层钝化层；对该钝化层进行光刻、刻蚀形成通孔；沉积金属填充通 孔，化学机械打磨将多余金属层去除，留下通孔中金属形成互连；在得到 的器件表面制备分子开关器件金属电极，通过通孔与CMOS器件互连，作 为底层芯片；在该底层芯片上淀积具有电双稳态开关特性分子薄膜；重复 上述步骤制备顶层芯片；按分子开关器件上下两组金属电极交叉成一定角 度，将顶层芯片倒扣，连接在底层芯片上。利用本发明避免了不在同一 平面上的通孔与上下电极的影响，同时将电路集成度提高了一倍，具有较 高的创新意义及实用价值。