本发明公开了一种基于硅基锗外延的波导近红外探测器及其制备方法，该波导近红外探测器包括：n型Si衬底；于该n型Si衬底形成的Ge/Si缓冲层；于该Ge/Si缓冲层上沉积的SiO2层中制备的空气孔型或介质柱型光子晶体；在该光子晶体上形成的Ge基外延薄膜；于刻蚀该Ge基外延薄膜的外侧直至该Ge/Si缓冲层中而形成的台阶上制备的n型Si接触电极Al；于该Ge基外延薄膜的上表面中心部分制备的P型Si接触电极；以及在被刻蚀后的该Ge基外延薄膜上形成的钝化层。利用本发明，解决了现有近红外探测器中二维光子晶体光子禁带效应的应用，以及Ge与Si晶格失配所产生的应力的释放等问题。