本发明公开了一种通过自对准工艺制备石墨烯顶栅场效应晶体管器件的方法，该方法包括：在石墨烯上沉积栅介质层，制备T型栅金属电极；沉积钝化保护层，利用选择性刻蚀去除栅介质上方覆盖的钝化保护层而保留T型栅金属电极足部侧墙部分的钝化保护层；对栅介质层进行腐蚀，去除T型栅金属电极足部覆盖区域之外的栅介质层；以及沉积金属形成源漏金属电极。本发明通过所设计的自对准工艺制备流程制备石墨烯顶栅FET器件，可以有效地减小栅源、栅漏间距离，进而减小寄生通路电阻和寄生栅电阻，从而提高石墨烯顶栅FET器件的性能。