本发明公开了一种祖冲之算法的实现系统及其方法，属于通讯系统加密技术领域，该系统包括系统控制模块、线性反馈移位寄存器模块、比特重组模块、F函数模块、第一寻址模块、第二寻址模块、第一S盒模块、第二S盒模块和加/解密模块。本发明通过优化算祖冲之算法的并行寻址逻辑，能够大幅减少系统的资源开销。同时，通过优化S盒的基于查找表的实现结构，能够降低系统的功耗开销。