本发明提供了一种冗余金属填充区域版图的处理方法及系统，该方法包括步骤：确定化学机械平坦化CMP工艺产生工艺缺陷的条件；根据所述CMP工艺产生工艺缺陷的条件确定待填充区域；将所述待填充区域分解为简单几何图形；根据各简单几何图形的几何信息生成待填充版图。由于根据特征级CMP的研磨理论，获得小区域几何结构对CMP缺陷的影响，并通过版图的矩形化处理获得填充区域的几何信息，不会造成因漏填导致无法保证平整度的问题，且便于后续进行冗余金属智能填充。