本发明提供了一种MOS晶体管的制造方法，包括：a.提供半导体衬底，伪栅叠层，侧墙，以及源漏区；b.形成第一层间介质层，其的高度小于伪栅叠层的高度；c.去除所述第一层间介质层位于远离伪栅叠层的两端的部分，形成第一空位；d.在所述第一空位中填充第二层间介质层,其顶部位于第一层间介质层顶部和栅极叠层顶部之间；e.形成第三层间介质层覆盖第一层间介质层和第二层间介质层；f.在所述第三层间介质层中形成暴露出所述第一层间介质层的通孔；g.通过所述通孔去除所述第一层间介质层，形成第二空位；h.形成盖层填充所述通孔。本发明有效地减小了栅极寄生电容，提高了器件性能。