本发明提供一种扫描电子显微图像的三维重构方法，其中，包括步骤：提供微纳结构；获取微纳结构的扫描电子显微图像；根据所述扫描电子显微图像获取三维结构粗略图；根据所述扫描电子显微图像构建反射电子强度数据库；根据所述反射电子强度数据库对所述三维结构粗略图进行修正，获取三维结构修正图；获取所述微纳结构的边界信息并根据该边界信息对所述三维结构修正图进行修正从而得到三维结构精细图。