本发明涉及一种草鱼抗呼肠孤病毒口服重组枯草芽孢杆菌芽孢疫苗的制备方法。该疫苗是用草鱼颗粒饲料包被表面展示草鱼呼肠孤病毒免疫保护性抗原的重组枯草芽孢杆菌芽孢而制得；所述芽孢是具有萌发缺陷、无抗生素抗性基因标记的芽孢。本发明的方法包括构建萌发缺陷、无抗生素抗性基因标记和表面展示草鱼呼肠孤病毒免疫保护性抗原的重组枯草芽孢杆菌芽孢，制备草鱼颗粒饲料包被重组芽孢的抗呼肠孤病毒口服重组芽孢疫苗，用于呼肠孤病毒引起的草鱼出血病的防治。