本发明公开了一种应用于评估微藻二氧化碳耐受力的方法及装置，步骤是：A、培养基配制：培养基依据目标藻株定，灭菌；B、目标藻株活化扩种：在光生物反应器中活化并扩种目标藻株；C、目标藻株接种：确定接种量后对藻液进行离心，反复使用无碳培养基洗净后重悬，接入十二孔板；D、OD680检测；E、OD∙d‑1 和deltaOD∙d‑1分别评价目标藻株的生长力；F、藻株筛选：散点作图法，依据以OD∙d‑1及deltaOD∙d‑1确定藻株在散点图中的分布。该装置它包括LED灯管、透光培养缸、透光孔板、保湿波浪海绵、过滤器、通气导管、六通式气体分流装置、打孔胶塞、玻璃管、透光玻璃管、六孔架子。方法简单易行，操作简单，快速便捷，可应用于筛选耐受高浓度二氧化碳的优良藻株。