本发明公开了一种生猪养殖废水处理微生物菌剂及制备方法和应用，该微生物菌剂由一定比例的稻谷壳、沼渣、氧化钙、酵素菌组成。步骤是：（1）将沼渣放置高压锅，蒸煮；（2）将稻谷壳、酵素菌混合均匀，自然堆积发酵；（3）将步骤中的产物加入氧化钙混合均匀，进行二次发酵，制成生猪养殖废水处理专属微生物菌剂。微生物菌剂在生猪养殖废水处理中的应用。方法易行，操作简便，二次发酵过的稻谷壳含有多糖、粗脂肪以及粗蛋白等营养物质，能够为微生物提供所必须的营养成分，具有较强的同步除碳、脱氮的效果，抗干扰能力强。解决了现有技术不能有效去除一些有机物、磷、氮等可溶性污染物等问题，出水达到国家城镇污水排放标准一级B标准。