本发明公开了一种沉水植物斑块镶嵌控制着生丝状藻过度增殖的生态方法，步骤是：1)调查待恢复区水深、水流、透明度、沉积物、营养盐、浮游生物及丝状藻水环境；2)用尼龙绳围网，坠网接触底质，若沉水植物斑块镶嵌格局恢复区内多食草性鱼类，人为驱逐；3）根据调查得到的恢复区水环境，选择沉水植物种类；4）依据沉水植物在水下所处的生态位、生长繁殖及水位，设计沉水植物斑块镶嵌格局；5）按设计的沉水植物斑块镶嵌格局通过以成丛的方式沉栽；6）定期监测沉水植物长势。解决了沉水植物成活率低、水下生态位单一的问题，恢复沉水植物盖度高达70%；有效控制了富营养化湖泊低等着生丝状藻类异常增殖，着生丝状藻生长率平均下降35%。