本发明公开了一种检测蓝藻DNA损伤的定量PCR试剂盒及应用，普通PCR反应液I包含针对聚球藻anl50基因设计的一对特异性引物，普通PCR 反应液II包含针对聚球藻CDS: ABB57481.1基因设计的一对引物，定量PCR反应液I包含针对聚球anl50基因设计的一对特异性引物，定量PCR反应液II中包含针对聚球藻CDS: ABB57481.1基因设计的一对引物，其中扩增anl50基因的普通PCR上游引物与该基因的结合位置在其定量PCR上游引物与基因结合位置的上游，anl50基因的普通PCR下游引物基因的结合位置在其定量PCR下游引物与基因结合位置的下游。该试剂盒灵敏度和特异性高，检测方法简便、快速，实验结果可靠。适用于蓝藻质粒DNA拷贝数检测和蓝藻DNA损伤的定量检测，对于预测蓝藻水华的爆发和消亡具有实际的应用价值。