本发明公开了一种巢式固定好氧反硝化菌耦合沉水植物在湖泊修复中的应用及装置，步骤是：1）丝瓜络小柱的预处理；2）好氧反硝化细菌菌悬液制备；3）好氧反硝化细菌的固定：混合液浸入到丝瓜络的缝隙中；4）固定化好氧反硝化菌巢式载体制备：将固定有好氧反硝化菌的丝瓜络小柱复合形成蜂巢状；5）植物根系与巢式载体联合：向巢式载体的巢孔中分别插入沉水植物成株的根系；6）断枝处理；7）包裹载体：成为一种缓释性的生态碳源补充剂。巢式载体制备支架由底板、垂直轴、巢孔、锁扣、合页、直角面组成。实现了沉水植被退化的受污染湖泊中植被的重建与恢复，结构简单，消除了湖泊底质对沉水植物生长的限制，促进了湖泊沉水植物的扩繁。