本发明公开一种利用荧光检测微囊藻细胞DNA损伤的方法，其步骤：（a）将待检测样品和对照样品均分别平均分成三小组；（b）去除细胞角质鞘：离心收集样品中藻细胞并重悬浮于SE缓冲液中洗涤；（c）细胞裂解：将细胞分别重悬浮于Lysis裂解液，加入蛋白酶K和十二烷基磺酸钠，使细胞裂解；（d）细胞DNA链解旋：改变pH，使T、P和B样品在不同条件下解旋；（e）染色：分别向以上T、P和B样品中加入Hoechest 33258染色；（f）荧光测定：离心后于荧光检测器中检测上清液的荧光强度；（g）结果计算：根据待测样品和对照样品中T、B和P样品的荧光来计算DNA链的断裂水平。本方法易于掌握，并且灵敏度高，DNA链上单个断裂位点即可检测到。