本发明公开了一种检测蓝藻质粒的定量PCR试剂盒及应用，普通PCR反应液I包含针对聚球藻anl50基因设计的一对特异性引物，普通PCR反应液II包含针对聚球藻CDS：ABB57481.1基因设计的一对特异性引物，定量PCR反应液I包含针对聚球藻anl50基因设计的一对特异性引物，定量PCR反应液II中包含针对聚球藻CDS：ABB57481.1基因设计的一对特异性引物，其中扩增anl50基因的普通PCR上游引物与该基因的结合位置在其定量PCR上游引物与该基因结合位置的上游，anl50基因的普通PCR下游引物与该基因的结合位置在其定量PCR下游引物与该基因结合位置的下游。该试剂盒快速检测蓝藻质粒的拷贝数，具有高灵敏度、特异性、稳定性和重现性。适用于蓝藻质粒DNA的定量检测，对于检测蓝藻细胞的DNA损伤具有实际的应用价值。