本发明公开了一种含有鲫鱼IFN干扰素的蓝藻工程菌及应用，通过将鲫鱼IFN基因转入蓝藻，获了一种可表达鲫鱼干扰素的转基因蓝藻。将该转基因蓝藻作为饲料添加剂加入鱼饲料中，减少了干扰素在投喂过程中以及消化道中的损耗，实现了使用投喂的方式即能达到提高免疫保护效果的目的，同时这种方法比注射免疫更为便利，适用于鱼类养殖业。因此，将转基因蓝藻作为饲料添加剂添加到鱼饲料中，通过其中的干扰素来提高动物体的免疫机能，从而提高其抗病能力，为开发安全的免疫增强型饲料提供一种解决方案。