针对黄土高原丘陵区经济系统与生态系统相悖态势及如何实现资源的合理配置等问题，选择典型代表区——陕西省吴起县作为研究对象，研究其农业生态经济系统20余年的演变过程，探讨农业生态经济系统的演变阶段、特征及其驱动机制，分析了农业生态经济系统的耦合关系，应用耦合度模型和耦合过程模型对吴起县进行了实证分析，并预测了系统的耦合态势。在此基础上，提出农业生态经济系统健康、持续发展的策略与建议。主要结论如下：
（1）应用聚类分析方法，并参照已有的研究结果，将吴起县1990-2007年农业生态经济系统演变过程划分为：1990-2002年为生态经济系统演变的第Ⅱ阶段，其中1990-1996年处于该阶段初期，1997-2002为该阶段中后期；2003-2007步入第Ⅲ阶段。
（2）运用主成分分析的方法，对吴起县农业生态经济系统演变的驱动因素进行了分析，结果表明：第一主成分因子载荷的绝对值排序为总人口（X1）＞人均纯收入（X18）＞人口密度（X2）＞工副业收入（X17）＞农业产投比（X13），即主要是人为经济发展驱动；第二主成分因子载荷绝对值的排序为人均粮食产量（X11）＞种植业收入（X14），反映的是人口压力驱动因子；第三主成分里年平均降雨量（X9）占的比重最大且明显高于前两个主成分里的因子载荷，说明第三主成分主要反映年平均降雨量的影响，即自然生态环境驱动因子。不同类型的土地利用面积，在各主成分中，大多处于中间水平，在某一程度上影响作用较大，反映了政策-产业结构调整的驱动。通过比较，得出：人为经济发展因素是农业生态经济系统演变的主要驱动力，人口压力驱动因子和政策-产业结构调整驱动因子次之，而自然生态环境是影响吴起县农业生态经济系统耦合过程的基础。
（3）应用结构方程模型（SEM）方法，分析了吴起县农业生态经济系统耦合关系，结果表明：具有相关关系的农业资源和产业态势对系统耦合有一定影响，其影响系数分别为0.14和1.00；农业资源与产业态势之间的相关系数为-0.11，说明吴起县的产业发展并非建立在对农业资源有效利用基础之上，农业资源对经济效益的变化没有直接作用；产业的发展主要建立在对农业资源之外的能量和物质的开发利用上，导致产业态势对经济效益的直接路径系数为-2.95，总的路径系数仅为0.23。目前在农业生态经济系统良性耦合机制的建立与形成过程中潜伏了较大危机。
（4）通过“耦合度模型”的构建与分析，发现近20年来吴起县农业生态经济系统演变经历了“不协调耦合阶段-协调耦合阶段-不协调耦合阶段”，表明生态经济系统潜伏了较大的危机。这一结果与结构方程模型分析结果相一致。
（5）运用“耦合过程模型”对吴起县实证分析的结果表明：按照农业生态经济系统现状演变轨迹，农业生态系统自我调节的临界点为)(375.1)(telten×=；如果停止“退耕”而出现复垦，生态系统自我调节的临界点变为)(968.0)(telten=，单位生态系统功能减弱。在阈值范围内，通过建立良性的系统耦合，能够实现生态经济系统的稳定持续发展。
（6）针对目前吴起县农业生态经济系统发展中凸现的现实问题，提出吴起县农业生态经济系统良性发展策略：优化系统内部产业结构，加强资源产业耦合，培育后续产业；扶持以林草和石油开发为主的产业链的形成；建立长效机制, 继续推进退耕还林工程；加强农民文化素质的提高和促进劳动力转移。