本发明提供一种基于迭代平稳离散小波变换的水声信号处理方法和装置。方法包括：将水声信号的离散信号样本作为待处理的含噪信号，利用平稳离散小波变换对含噪信号进行多尺度小波分解，得到含噪信号在不同频带下的小波系数；对小波系数进行特征分析，根据小波系数在分解尺度增加过程中所产生的特征变化选择阈值系数；先根据阈值系数对小波系数进行滤波处理，再对小波系数进行重构，得到去噪信号；计算去噪信号的信噪比以及两次迭代间信号的信噪比的差额；若差额小于预先设置的信噪比差额门限，则将该次去噪信号作为去噪完成的水声信号输出，否则，继续执行小波分解与重构。该方案能够有效去除水声信号中的噪声，适用于包含复杂背景噪声的海洋环境。