基于高通量测序技术的虎杖EST-SSRs和EST-SNPs的开发及特征分析
文献类型：期刊论文
| 作者 | 欧阳蒲月4; 刘芬3; 夏黎4; 胡伟明(3; 4) |
| 刊名 | 中药材
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| 出版日期 | 2015 |
| 卷号 | 38期号:06页码:1164-1167 |
| 关键词 | 虎杖 转录组 简单重复序列 单核苷酸多态性 |
| 英文摘要 | 目的:利用生物信息学方法,从虎杖转录组中开发SSRs、SNPs和In Dels标记。方法:从NCBI的SRA数据库下载虎杖RNA-Seq数据,经Trinity拼接后得到unigenes。用MISA软件搜索虎杖unigenes,对得到的SSRs位点信息进行特征分析并利用PRIMER 3软件设计SSRs引物。利用BWA/SAMtools/Var Scan流程开发虎杖SNPs和InDels标记。结果:从虎杖转录组中共搜索得到1 293个SSRs位点,经PRIMER 3设计引物后,共得到948个SSRs标记。同时利用BWA/SAMtools/Var Scan流程获得虎杖SNPs 375 579个,In Dels 13 029个。这些SNPs位点分布在16 186条unigenes上(共14.9 Mb),SNPs位点的密度为1/39.7 bp,核苷酸多样性(θ)为0.02519。6种类型的SNPs变异可以归为置换(233 061,62.1%)和颠换(142 518,37.9%)两类。结论:虎杖基因组积累了丰富的SSRs、SNPs和InDels变异,通过转录组测序获得了大量的虎杖EST-SSRs、SNPs、In Dels标记,为后续虎杖的遗传育种打下了基础。 |
| 语种 | 中文 |
| 源URL | [http://210.77.82.179/handle/2SCSIERX/2863]  |
| 专题 | 研究领域 |
| 作者单位 | 1.中国科学院大学,北京 100049 2.中国科学院武汉植物园植物种质创新与特色农业重点实验室,湖北武汉 430074; 3.中国科学院华南植物园植物资源保护与可持续利用重点实验室,广东广州 510650; 4.广东食品药品职业学院,广东广州510520; |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 欧阳蒲月,刘芬,夏黎,等. 基于高通量测序技术的虎杖EST-SSRs和EST-SNPs的开发及特征分析[J]. 中药材,2015,38(06):1164-1167. |
| APA | 欧阳蒲月,刘芬,夏黎,胡伟明,&4).(2015).基于高通量测序技术的虎杖EST-SSRs和EST-SNPs的开发及特征分析.中药材,38(06),1164-1167. |
| MLA | 欧阳蒲月,et al."基于高通量测序技术的虎杖EST-SSRs和EST-SNPs的开发及特征分析".中药材 38.06(2015):1164-1167. |
入库方式： OAI收割
来源：华南植物园
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