蛋白质大规模构象变化的计算模拟
文献类型：会议论文
| 作者 | 王进安; 于玉琪; 邵强 ; 朱维良
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| 出版日期 | 2016-07-01 |
| 关键词 | 蛋白质 构象变化 分子动力学模拟 自由能变化 增强型取样 |
| 页码 | 1 |
| 英文摘要 | 蛋白质功能与其结构以及结构的变化密切相关,而蛋白质结构的大规模变化及功能机制模拟一直是分子模拟研究工作者所面临的巨大挑战。为此,我们发展了一种将简振模式分析和伞取样模拟方法相结合的分子模拟新方法NUMD(图1),实现了蛋白质大规模构象变化的路径及能量的计算模拟。测试表明,NUMD的计算结果和传统的分子动力学模拟结果非常接近,亦与实验高度吻合。此外,该方法的计算效率高于传统方法约50倍。我们正利用该方法对一些重要靶标蛋白质开展应用研究~([1,2])。同时,我们在增强型取样方法REMD的基础上,发展了高效取样的hREMD方法,可以显著提高模拟效率~([3])。 |
| 会议录 | 中国化学会第30届学术年会摘要集-第二十五分会：化学信息学与化学计量学
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| 文献子类 | Article |
| 语种 | 中文 |
| 源URL | [http://119.78.100.183/handle/2S10ELR8/267032]  |
| 专题 | 药物发现与设计中心 |
| 作者单位 | 中国科学院上海药物研究所,药物发现与设计中心,上海 201203, 中国. |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 王进安,于玉琪,邵强,等. 蛋白质大规模构象变化的计算模拟[C]. 见:. |
入库方式： OAI收割
来源：上海药物研究所
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