蛋白质折叠机制的高效分子模拟研究
文献类型：会议论文
| 作者 | 邵强 ; 王进安; 朱维良
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| 出版日期 | 2014-08-04 |
| 关键词 | 蛋白质折叠 分子动力学模拟 增强取样 折叠机制预测 α-螺旋束结构 |
| 页码 | 1 |
| 英文摘要 | 蛋白质需要折叠形成特定的三维结构才能执行其生物功能,因此研究蛋白质的折叠机制有着非常重要的生物意义。然而由于氨基酸残基相互作用的复杂性,使得理论模拟蛋白质折叠有着相当大的困难。我们运用增强取样的分子动力学模拟方法系统地研究了α-螺旋束结构的折叠机制(包括α3D(73氨基酸)、α3W(67氨基酸)及BdpA(46氨基酸))。通过增强取样的分子模拟,我们可以在很短的时间内捕捉到多个折叠/去折叠过程(折叠结构的RMSD值可以低至1.78?),从而可以快速地扫描蛋白质折叠的构象空间,获得蛋白质折叠的路径及相关热力学信息。通过对一系列的α-螺旋束结构的自由能图谱分析,我们发现其折叠机制与氨基酸序列的关联性。以此为基础,我们提出基于氨基酸序列信息的简单理论模型来预测α-螺旋束结构的折叠机制,并成功地应用于各种各样的α-螺旋束蛋白质体系。这一研究帮助我们在原子层面上全面了解α-螺旋束蛋白质的折叠机理。 |
| 会议录 | 中国化学会第29届学术年会摘要集——第15分会：理论化学方法和应用
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| 文献子类 | Article |
| 语种 | 中文 |
| 源URL | [http://119.78.100.183/handle/2S10ELR8/267111]  |
| 专题 | 药物发现与设计中心 |
| 作者单位 | 中国科学院上海药物研究所,药物发现与设计中心,上海 201203, 中国. |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 邵强,王进安,朱维良. 蛋白质折叠机制的高效分子模拟研究[C]. 见:. |
入库方式： OAI收割
来源：上海药物研究所
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