Profile-profile比对方法用于发现远距离同源模板
文献类型：期刊论文
| 作者 | 邢龙生; 李娟; 方慧生; 陈凯先
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| 刊名 | 生物信息学
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| 出版日期 | 2013-03-15 |
| 卷号 | 11期号:01页码:16-21 |
| 关键词 | profile-profile比对 结构预测 远距离同源模板 PSI-BLAST |
| 文献子类 | Article |
| 英文摘要 | 基于模板的模建方法是蛋白质结构预测领域中最为准确有效的方法,该类方法的成功与否对模板质量的要求较高。为待预测序列找寻合适的模板,本文提出了一种profile-profile比对的方法将查询序列同模板库中的已知结构蛋白进行比对,然后根据比对结果的Z-score得分高低顺序挑选出合适的模板。结果表明:本文的profile-profile比对方法在测试集上的性能明显优于PSI-BLAST,相比PSI-BLAST在测试集上的准确度提高了约14.3%,配对t检验的结果表明准确度的提高具有统计显著性。从而得出如下结论:本文的profile-profile比对方法可以用于为序列相似性较低的待预测序列搜索远距离同源模板,并用于指导后续的三级结构预测。 |
| 语种 | 中文 |
| 源URL | [http://119.78.100.183/handle/2S10ELR8/269680]  |
| 专题 | 药物发现与设计中心 |
| 作者单位 | 中国科学院上海药物研究所,药物发现与设计中心,上海 201203, 中国. |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 邢龙生,李娟,方慧生,等. Profile-profile比对方法用于发现远距离同源模板[J]. 生物信息学,2013,11(01):16-21. |
| APA | 邢龙生,李娟,方慧生,&陈凯先.(2013).Profile-profile比对方法用于发现远距离同源模板.生物信息学,11(01),16-21. |
| MLA | 邢龙生,et al."Profile-profile比对方法用于发现远距离同源模板".生物信息学 11.01(2013):16-21. |
入库方式： OAI收割
来源：上海药物研究所
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